Pierwsze wzmianki o majątku w Jankowie pochodzą z II połowy XVI w., kiedy jego właścicielem był Andrzej Jankowski, a po nim rodziny Popowskich i Pląskowskich. Niewiele wiadomo o stosunkach własnościowych w XVIII w., natomiast pewne jest, że mniej więcej w połowie XIX w. Jankowo znalazło się w rękach niemieckich. W 1854 r. majątek Jankowo oraz pobliski Ludwiniec zakupił Simon Albert Hepner. Ożeniwszy się ze swoją kuzynką Berthą Hepner, Simon Albert przeprowadził się w 1863 r. do nowo wybudowanego pałacu w stylu neogotyckim, postawionego na miejscu starego dworu.
Dokładna data powstania pałacu jest niepewna, wiadomo jednak, że w 1863 r. był on już ukończony. Według rodziny budynek został zaprojektowany przez słynnego pruskiego architekta Friedricha Augusta Stülera, dziś przypuszcza się, że chodziło raczej o kogoś z jego kręgu. Obok pałacu już wcześniej istniał park w stylu angielskim, ze zbiorem rzadko spotykanych krzewów i drzew.
Majątek znajdował się rękach potomków Simona Alberta Hepnera do końca II wojny światowej. Do tego czasu funkcjonował jako majorat, co oznaczało m.in. zakaz jego dzielenia. Ciekawostką jest, że po Simonie Albercie majątek dziedziczyły tylko kobiety – w 1899 r. dziedziczką została jego córka Adolphine Luise Strussberg z domu Hepner. Po I wojnie światowej przeszedł on w ręce jej córki Ilse, która wyszła za mąż za niemieckiego barona Friedricha von Rheinbabena. Jedyny syn państwa von Rheinbabenów, Ivo, zginął podczas II wojny światowej, więc majątek został powierzony córce Urszuli, która wraz z mężem Teodorem von Geyr, przeprowadziła się do Jankowa w 1941 r.
Zarządzanie majątkiem nie trwało jednak długo; zbliżający się front zmusił jego właścicieli do ewakuacji, a w 1946 r. Jankowo i Ludwiniec zostały przejęte przez Skarb Państwa Polskiego. Ziemia została rozparcelowana na mniejsze gospodarstwa (do 15 ha) i rozdzielona wśród okolicznych rolników, w samym pałacu zaś zamieszkało kilkadziesiąt rodzin. Na terenie samego folwarku przypałacowego utworzono Rolniczą Spółdzielnię Produkcyjną.
W ciągu osiemdziesięciu lat rządów rodziny Hepnerów majątek funkcjonował sprawnie, co do dziś jest dobrze wspominane przez okoliczną ludność. Potwierdza to również Urszula von Geyr, ostatnia właścicielka majątku: “Stosunki między rodzinami naszych robotników we wsi a nami były bardzo serdeczne i ufne. Wszystkie uroczystości obchodzono wspólnie: wesela, imieniny, chrzciny i przede wszystkim dożynki”. Na terenie Jankowa i Ludwińca mieszkało ponad 300 osób, w przeważającej większości (80%) katolików. Właściciele majątku byli wyznania ewangelickiego.
Łącznie oba folwarki obejmowały obszar liczący prawie 900 ha i nastawione były przede wszystkim na produkcję mączki ziemniaczanej. Pomimo tak olbrzymiego obszaru majątek był doskonale zorganizowany i nowoczesny.
Niestety, niezrozumiała polityka władz PRL-u sprawiła, że te osiągnięcia zostały zaprzepaszczone. Pałac nie był remontowany przez kilkadziesiąt lat, a w jego części zaczęto prowadzić chlewnię. Na początku lat osiemdziesiątych stan budynku był tak fatalny, że przebywanie w nim było niebezpieczne dla życia – w rezultacie tego mieszkańcy zostali wysiedleni.
Dewastacja trwała jednak dalej: zawaliła się część zadaszenia, strop i schody prowadzące na wieżę. Po 1989 r. pałac został przejęty przez prywatnego inwestora. Następnym właścicielem była spółka budowlana, która podjęła pierwsze próby remontu. Pomimo popełnienia kilku błędów konserwatorskich to ona uratowała budynek przed całkowitą rujnacją. Niestety, z powodu braku środków finansowych remont nie został ukończony.
Od 2010 r. pałacem zarządza Fundacja Jankowo, która podjęła się odremontowania budynku, rewitalizacji parku i przywrócenia im dawnej świetności.