O istnieniu tajemniczego grodziska na wyspie usytuowanej w pobliżu pałacu rodziny Hepnerów w Jankowie wiedziano co najmniej od drugiej połowy XIX w. – pierwsza informacja o tym odkryciu ukazała się już w 1882 r. w niemieckim czasopiśmie „Zeitschrift für Ethnologie”. W cztery lata później, gdy na wyspie miały miejsce zwykłe prace ziemne, niejaki Pahlke – zarządca majątku i archeolog z zamiłowania, przeprowadził podstawowe badania. W trakcie trwających kilka lat prac, kontynuowanych przez kolejnego zarządcę, Schwartza, znaleziono m.in. budzący do dziś wiele kontrowersji, zaginiony podczas II wojny światowej zabytek – głowę bóstwa z Jankowa.
Pahlke odkrył, że pośrodku wyspy znajdowało się otoczone wałem wzniesienie, a bliższa analiza jego przekroju wykazała, że składało się ono z dwóch warstw, w których dolna zawierała liczne ślady spalenizny. Ciekawe efekty przyniosło również dokładniejsze zbadanie wyspy. Na jej obrzeżach znaleziono liczne bierwiona, prawdopodobnie przeznaczone na opał, a na wschodnim brzegu odkryto zbudowany z wbitych ukośnie pali falochron. Niewątpliwie na wyspie mieszkała kiedyś zorganizowana społeczność.
Duży wpływ na wzrost zainteresowania jankowskim grodziskiem miało odkrycie w latach międzywojennych starożytnej osady w odległym o 40 km Biskupinie. Już wtedy Jankowo zaczęło pojawiać się w literaturze fachowej, w opracowaniach dotyczących zarówno grodzisk łużyckich, jak i średniowiecznych.
Pierwsze profesjonalne próby oszacowania chronologii obiektu zostały jednak podjęte dopiero w 1960 r., podczas badań prowadzonych przez Ekspedycję Wykopaliskową Państwowego Muzeum Archeologicznego w Warszawie. Kolejne prace zwiadowcze miały miejsce w sześć lat później, ale kompleksowe wykopaliska były prowadzone na wyspie w latach 1969-72, przez Zakład Archeologii Wielkopolski i Pomorza Instytutu Historii Kultury Materialnej PAN. Były to ostatnie badania na wyspie, która kilka lat później została prawie w całości zalana wskutek utworzenia tamy na Jeziorze Pakoskim. To dzięki nim udało się ostatecznie ustalić, że gród na wyspie rozwijał się w dwóch etapach, a jego największy rozkwit przypadł na okres halsztacki C i D (VII-V w. p.n.e.), kiedy rezydowała w nim ludność kultury łużyckiej, oraz na wczesne średniowiecze (VII-VIII w. n.e.). Pierwsze ślady osadnictwa pochodzą już z okresu późnego neolitu (2500-1700 lat p.n.e.).